Координацию работ по экспертной оценке осуществляет уполномоченная рабочая группа. Одновременно на сайте eLIBRARY.RU проводится расширенная общественная экспертиза журналов путем онлайн-анкетирования.
Для участия в экспертной оценке необходимо быть зарегистрированным в системе Science Index в качестве автора научных публикаций, иметь ученую степень кандидата или доктора наук и общее число цитирований публикаций за последние 5 лет не ниже установленного порогового значения, различающегося для разных научных направлений. Каждый участник может выбрать не более трех научных направлений и оценить журналы по каждому из них. Кроме этого, можно оценить и мультидисциплинарные журналы.